São órgãos da Fundação o Conselho de Curadores, o Conselho de Administração e o Conselho Fiscal. O Presidente do Conselho de Curadores é o Chefe do Executivo da RAEM.

Compete ao Conselho de Curadores garantir a manutenção dos fins da Fundação, apreciar o plano de actividades, o relatório de exercício, o orçamento para o ano seguinte e o relatório financeiro relativos ao ano anterior; aprovar a concessão de apoio financeiro de valor superior a um milhão de patacas; pronunciar-se sobre todos os assuntos que lhe sejam apresentados pelo Conselho de Administração, etc.

Compete ao Conselho de Administração gerir a Fundação e em especial, praticar todos os actos de administração necessários ou convenientes à gestão do património da Fundação; participar nas actividades ou nos programas concretos compatíveis com os fins da Fundação; conceder apoio financeiro a programas até ao valor de um milhão de patacas.

Compete ao Conselho Fiscal examinar o balanço e contas de exercício anuais, verificar periodicamente a situação financeira da Fundação e exercer outras atribuições de fiscalização a pedido do Conselho de Curadores.

São subunidades orgânicas da Fundação Macau:

Departamento de Apoio Financeiro: acompanha as candidaturas de apoio financeiro, apoiar na elaboração de planos de apoio financeiro que contribuam para a prossecução dos fins da Fundação e proceder à análise sobre a concessão de apoio financeiro extraordinário ou a concessão de suporte financeiro através da celebração de acordo de cooperação, apresentando os respectivos relatórios ao Conselho de Administração.  O Departamento de Apoio Financeiro compreende:

    ◆Divisão de Gestão de Apoio Financeiro: acompanha e trata dos assuntos relacionados com o procedimento de concessão de apoio financeiro, dá apoios na avaliação das candidaturas de apoio financeiro, apresenta, superiormente, propostas relativas à concessão de apoio financeiro ou medidas de aperfeiçoamento e optimização do regime de concessão de apoio financeiro.

    ◆Divisão de Fiscalização de Apoio Financeiro: acompanha a execução da concessão de apoio financeiro, trata das impugnações interpostas pelos candidatos a apoio financeiro, procede às análises sobre os relatórios e propõe, superiormente, medidas de aperfeiçoamento e optimização do regime de fiscalização da concessão de apoio financeiro.

Departamento de Assuntos Genéricos: presta apoio administrativo, financeiro e técnico, análisa e apresenta sugestões de gestão de recursos financeiros da Fundação e procede regularmente à revisão do funcionamento administrativo e apresentar sugestões de aperfeiçoamento, bem como planea e coordena as medidas ou actividades da Fundação ou que se articulem com as acções governativas do Governo da RAEM. O Departamento de Assuntos Genéricos compreende:

    ◆ Divisão de Pessoal e Apoio Técnico – gere e desenvolve os recursos humanos, coordena a aquisição, instalação e manutenção de equipamentos informáticos, acompanha os trabalhos de implementação da governação electrónica e presta aos órgãos e subunidades da FM apoio técnico nas diversas áreas.

    ◆ Divisão Financeira e Patrimonial - assegura as operações de tesouraria e a aquisição de bens e serviços, elabora e implementa as políticas contabilísticas da Fundação e gere o património e os investimentos, bem como elabora propostas do orçamento privativo e relatórios financeiros.

    ◆ Divisão de Actividades - organiza, co-organiza e realiza actividades ou projectos que se articulem com as acções governativas do Governo da RAEM e que contribuam para a prossecução dos fins da Fundação, bem como coordena e publica livros e revistas.

Estrutura Orgânica

Lista da Organização da Fundação Macau

Conselho de Curadores

Presidente:Chefe do Executivo da RAEM,Ho Iat Seng

Membros: Lei Pui Lam, Anabela Fátima Xavier Sales Ritchie, Iong Weng Ian, Carlos Alberto dos Santos Marreiros, Chan Meng Kam, Leong On Kei, Lok Po, Lao Ion Fai, Chan Hong, Ng Siu Lai, Mok Chi Wai, Cristina Luísa Joaquim Neto Valente, Chan Wa Keong, Ma Chi Wa, Liu Cai Seng

Conselho de Administração

Presidente: Wu Zhiliang

Vice-Presidente: Zhong Seabra de Mascarenhas Yi

Membros a tempo parcial: Ho Kuai Leng,  Au Weng Chi, Lai Chan Keong

Conselho Fiscal

Presidente: Vong Hin Fai

Membros: Ho Mei Va, Sio Ng Kan, Lau Veng Lin