教堂原位置是1903年由嘉諾撒仁愛女修會的修女所建的一簡陋小平房，被用作育養院、學校和小教堂。在1928年，為紀念耶穌會傳教士聖方濟各. 沙勿略及順應路環教育事業的發展，這裡被改建成正式的教堂－路環聖方濟各教堂。教堂內本有一銀色骨箱，自1978年起移入，箱內盛載著聖方濟各的手骸聖鐲，現時已被送到聖若瑟修院收藏。教堂的外牆為白色，橢圓形窗戶及一座鐘樓，教堂前有一座紀念碑，以紀念當地1910年戰勝海盜一役。
每年的12月3日為聖方濟各. 沙勿略的逝世紀念日，教堂會選擇最接近當天的一個周日進行紀念活動。
聖方濟各. 沙勿略在四百多年前跟隨傳教士自日本到達中國南部沿海，其一生為遠東地區服務，曾引領3萬多人入教，被稱為”遠東開教之元勳”，更被稱為”傳教區主保”，於1552年澳門附近的一個小島逝世。
資料來源：旅遊局網頁及澳門知識叢書－澳門天主教堂
